1、變壓器各側額定電壓和額定電流各不相等，因此各側電流互感器的型號一定不同，而且各側三相接線方式不盡相同，所以各側相電流的相位有也可能不一致，將使外部短路時不平衡電流增大，所以變壓器縱差保護的最大系數比發電機的大，靈敏度相對來說要比較低。
2、變壓器繞組常有調壓分接頭，有的還要求帶負荷調節，使變壓器縱差保護已調整平衡的二次電流又被破壞，不平衡電流增大，這樣將使變壓器縱差保護的最小動作電流和制動系數都要相應加大。
3、對于定子繞組的匝間短路，發電機縱差保護完全沒有作用。變壓器各側繞組的匝間短路，通過變壓器鐵芯磁路的耦合，改變了各側電流的大小和相位，使變壓器縱差保護對匝間短路有作用。
4、無論變壓器繞組還是發電機定子繞組的開焊故障，它們的完全縱差保護均不能起到保護作用而動作，但變壓器還可以依靠瓦斯保護或壓力保護。
5、變壓器縱差保護范圍除包括各側繞組外，還包含變壓器的鐵心，即變壓器縱差保護區內不僅有電路還有磁路，明顯違反了縱差保護的理論基礎（基爾霍夫電流定律）。而發電機的縱差保護對象內只有電路的聯系，在沒有故障時，不管外部發生什么故障，各相電流的矢量和總為零。